關於上述過程,陳波指出,元初建立的海漕體製容許兩浙漕戶通過夾帶私鹽等手段牟利，到了元末，漕戶由於負擔繁重，很多人販鹽逃役，遁為島寇，聚為方國珍等海上強大勢力。明初編裏甲,厲海禁，方國珍舊部中船戶眾多，驟失暴利，遂有蘭秀山之亂。明廷平亂後將方氏舊部編入沿海衛所，力絕其患。不少學者常引述明代鄭曉的一段重要評論：

初，方國珍據溫、台、處，張士誠據寧、紹、杭、嘉、蘇、鬆、通、泰，諸郡皆在海上，方、張既降滅，諸賊豪者悉航海，糾島倭入寇，以故洪武中倭數掠海上。高皇既遣使，命將築城增戍，又命南雄侯趙庸招蛋戶、島人、漁丁、賈豎，蓋自淮、浙至閩、廣，幾萬人盡籍為兵，分十千戶所，於是海上惡少皆得衣食於縣官。洪武末年,海中方、張諸逋賊,壯者老，老者死，以故旁海郡縣稍得休息。

鄭曉敏銳指出,洪武時期島寇倭亂來自方、張餘部，其籍入衛所者安身於沿海州縣,這一批入衛軍士與其他桀驁逋逃者均在洪武末年老病故去，故沿海暫安。

洪武中期，方、張餘黨勢力的衰減，並未增強朝廷在東南海島建立統治的信心，明廷轉而采取消極退守的策略，此由昌國衛之設置即可見一斑：

（洪武十七年九月丁未）置昌國衛於寧波之象山縣。

關於昌國衛設置的時間和方式，史書記載未盡一致，明代後期文獻所記昌國設衛、舟山留所之過程，又常與湯和有涉。論者常引述嘉靖《籌海圖編》關於明初舟山徙民的一段記載：

國初，定海之外秀、岱、蘭、劍、金塘五山爭利，內相仇殺，外連倭夷，歲為邊患。信國公經略海上，起遣其民，盡入內地，不容得業,乃清野之策也。

《籌海圖編》主要出自鄭若曾之編撰,上述說法見於《鄭開陽雜著》中《舟山守禦論》之語：