不過，孝莊也開始咽下政治聯姻的苦果。

隨著時間的推移，成長起來的順治卻與母親孝莊產生了難以調和的矛盾。爆發點是順治並不滿意孝莊為其指配的皇後，彼此沒有感情。他愛上的人，是自己弟弟的遺孀董鄂妃。因為這起感情事件，順治長期不去看望母親孝莊。

近年來，也有學者指出，孝莊與順治的母子矛盾，兒子的婚事隻是一個表象，更深層的原因在於兩人的政見分歧。順治長大後，熱愛儒家文化，並在朝廷中推行漢化改革，這引起了以孝莊為首的守舊派的警惕，母子關係因此僵化。

1660年，董鄂妃不幸早逝。在感情和政治上遭受雙重打擊的順治，心灰意冷，一心想皈依佛門。

第二年，順治在鬱鬱寡歡中感染天花病逝，年僅24歲。

孝莊悲痛至極，在順治的喪禮上“哭極哀”。她永遠地失去了自己唯一的兒子。

▲順治帝畫像

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然而，感情上的悲痛並未阻止孝莊在理智上的行動。大清再次麵臨權力交接，隻是這一次，她不再是局外人，而是話事人。

經過與親王們的統一意見，她迅速做出了兩個決定：

第一，確定皇位繼承人。順治病逝前想讓自己的一個堂兄弟繼位，但孝莊最終選擇了順治的第三子、年僅8歲的玄燁（即康熙帝），理由是玄燁已出過天花，終生對這種恐怖傳染病具有免疫力。

第二，發布順治遺詔。這是一封“詭異”的遺詔，長達1000多字，洋洋灑灑曆數了順治親政以來推進清廷漢化等14條“罪狀”，仿佛是順治臨終前的一封懺悔書。官宣稱這份遺詔是順治臨終口述，由大臣垂淚記錄。但從內容來看，應該是被孝莊做了大幅度修改。孝莊借兒子之口，否定了兒子的作為，從而為這對母子的政見分歧畫上了一個句號。

不難看出，時年48歲的孝莊的確是一個有魄力而剛烈的女強人。