多爾袞權傾天下，實際上已是大清皇權的唯一代理人。

在這7年間，孝莊被迫與年幼的福臨分宮而居。這顯然是多爾袞防止孝莊利用皇帝幹政的一個舉措，但孝莊母子無力反抗，唯有隱忍順從。

也就是在多爾袞生命的最後一年，順治七年（1650年），江南傳出了孝莊太後下嫁多爾袞的緋聞。迄今，史學界關於這件事，尚未達成最終共識。從某種意義上講，這也是大清入關後的第一疑案。

緋聞源於南明反清鬥士張煌言那一年所寫的一首詩：

上壽觴為合巹尊，慈寧宮裏爛盈門。

春宮昨進新儀注，大禮恭逢太後婚。

詩裏說的是孝莊太後住所慈寧宮舉辦婚禮的場景，人們由此相信這是孝莊下嫁多爾袞的證據。另外的證據則包括：

多爾袞被尊為“皇父攝政王”，說明孝莊下嫁了，順治才稱其為“皇父”；

滿族入關前，尚有弟娶寡嫂的婚俗，因此孝莊下嫁多爾袞也不稀奇。

這一連串證據，幾乎把孝莊下嫁之事坐實了。連清史名家商鴻逵都認為，“孝莊曾和多爾袞結婚，這件事固然缺乏確證，然蛛絲馬跡也有可尋”，並說若果有此事，正好說明孝莊為了兒子的皇位安全，能夠隨機應變，是政治手腕高明的表現。

但是，孟森、鄭天挺等著名曆史學家則認定孝莊下嫁緋聞純屬子虛烏有。他們指出，張煌言是反清誌士，詩據傳聞而嘲諷清朝亂倫，並不能作為曆史證據。順治尊多爾袞為“皇父”，類似於古代“尚父”的尊稱，也不是順治認父的證據。

其實，我們從一些曆史的細節，可以論證孝莊並未下嫁。史載，孝莊居住的慈寧宮遲至順治十年（1653年）才修葺完畢，這之後，她才搬進去住，而此時多爾袞已死去3年，可見張煌言所說的慈寧宮大婚的情景純屬虛構。