因為時局的變化，他不得不於1946年離開北京寓居上海，並獨居賣文為生。而最終在“文革”中被抄家，瞿家世代的收藏連同他大量的文稿散失殆盡。他本人75歲時入獄，並在80歲時死於獄中。這五年他除了一些自述和交代材料以外無法治學寫作。然而，他畢竟留下了大多數的著作，留下了瞿氏家史、北京史誌及自身帶來的掌故。即便在不能出版時，他仍整理好了平生的《補書堂詩錄》《補書堂文錄》，並影印、油印後藏之名山，傳之後世。他一個人幾乎幹了三個人，甚至十個人的活兒。如今瞿宣穎仍有大量未刊手稿、書信藏於各大圖書館或民間藏家手中，時常出現在拍賣會上。更有大量秘辛從未寫過或講過，被他帶走了。

他的先知之舉還有：在抗戰前把瞿家殘存的古籍1811種共59769卷運到北平，寄存國立北平圖書館，圖書館編印了《瞿氏補書堂寄存藏書目錄》，連雙方交涉的通信和律師證明一並印上。書是永久的“寄存”了，但長沙故宅是徹底在戰亂中毀掉了，“寄存”總比毀掉要好。

每個家族，每位名士都成於時代，興於時代，最終湮滅於時代。長沙“善化相國”一家，從瞿鴻禨到瞿宣穎，在官職、財產、家傳文物、藏書方麵都“代降一等”，直至被抄家後損失殆盡——這是推翻舊文化，打造新文化的必然；但在詩文學術上並未下降，直至瞿宣穎的侄子瞿同祖（1910—2008），又是一代大家。同樣，盡管曆經破壞和拆遷的風險，杭州永福寺畔的瞿鴻禨墓總算保住了。世事變遷沒能給瞿家人留下家傳的藏書、文物和財產，但留下了前輩著作、家譜、子孫和祖墳——在物的層麵沒保住，但人和精神的層麵保住了，算是不幸中的萬幸。