元天元帝敗亡之後又曆經四代傳至坤帖木兒時，鬼力赤於明建文四年（1402年）殺害坤帖木兒，繼而登上大汗之位。明正統三年（1438年），瓦剌部的脫歡扶植大汗脫脫不花擊敗同時並立的大汗阿岱，統一了蒙古諸部。明正統十四年（1449年），脫歡之子也先入侵明朝，俘虜明朝皇帝明英宗朱祁鎮，史稱土木堡之變。[達延汗與滿都海哈屯在15世紀重新統一蒙古諸部，史稱達延汗中興。

然而，達延汗在帝國以封地的名義分封於其兒子與親戚，導致了帝國統治的權力下放盡管權力下放，但是達延汗與蒙古貴族之間仍保持著良好的關係，孛兒隻斤家族的內鬥並不嚴重，直到林丹汗統治期間（1604年－1634年），蒙古內部的紛爭中削弱了自身的力量。

明崇禎八年四月二十八日（1635年6月12日），林丹汗之子額哲投降清太宗皇太極當時統治的後金政權，元太祖成吉思汗建立的大蒙古國曆經430年之後正式宣告滅亡。

曆史上我們一般把元朝的滅亡時間定於1368年。而“北元”的“北”通常用於區分1271年建立的元朝和1368年之後的政權。

但是長期以來，對於這一史學概念的使用範疇卻眾說不一。爭論的焦點就是“北元”是指1368年至1388年這20年間的蒙古曆史，還是指1368年至1635年這268年間的蒙古曆史。

其實，我們所說的“北元”僅指大蒙古國的一個階段。大蒙古國（1206年－1635年）依照中國名稱的劃分，可劃為蒙古（1206年－1271年）、元朝（1271年－1368年）、北元（1368年－1388年）、韃靼（1388年－1635年）。從成吉思汗開始的“大蒙古國”政權仍然繼續，韃靼政權長期沿用元朝時代的漢製職官，至達延汗時才基本取消。大蒙古國政權延續至1635年察哈爾部為滿洲的後金所滅亡