姑侄三人同嫁一夫，這種婚姻關係在當時的漢人社會中早已被認為有悖人倫。但蒙古、滿族等遊牧民族當時並不認為這是一種婚姻禁忌，隻要男女雙方來自不同的氏族，一段婚姻就可以成立，輩分不在他們的倫理範疇之內。

孝莊之所以姑侄三人都嫁給皇太極，更根本的原因是部族間的婚姻聯盟需要。

努爾哈赤晚年統一女真各部後，開始著手締結蒙古部落，合力進攻明朝。孝莊出身的部族——科爾沁蒙古部落，因為最為靠近建州女真，最早與努爾哈赤建立了軍事同盟關係。而婚姻，成了穩固軍事同盟的重要紐帶。

據統計，在清朝入關前，科爾沁蒙古與滿族皇家聯姻多達33次——有21女嫁給滿族皇家，娶回滿族皇家12女。

1636年，皇太極在盛京稱帝，國號大清。隨即建立後宮製度，15個後妃中，僅有5人擁有獨立的居住宮殿，稱為“五宮製”。來自科爾沁蒙古的姑侄三人均為五宮成員，其中，孝端高居正宮皇後之位，可見這個蒙古部族與滿族皇室的關係有多麼鐵。

不過，孝莊在五宮中的排位是最低的。反倒是她的姐姐宸妃，倍受皇太極寵愛。1637年，宸妃為皇太極生下一個男孩（皇太極第八子），立馬被定為“皇嗣”。一年多後，這個男孩不幸夭折，沒幾天，孝莊之子福臨（皇太極第九子）降生。這個像是來“衝喜”的皇九子，卻沒有得到皇太極太多的好感。

孝莊此後再未生育過，而她的姐姐宸妃則在1641年早逝。

關於孝莊的第一個緋聞式傳說，大概在此時誕生。1642年，明朝薊遼總督洪承疇被俘後，一度寧死不降，民間傳言是孝莊出馬，以美色、人參湯和動人言語最終說服洪承疇降清。

事實上，稍微了解一下清朝入關前的政治運作，就會知道，在以軍事為主導的製度中，任何女人（包括皇帝的女人）都不可能有介入政治的空間和機會。與之相反的例子，在努爾哈赤病逝後，為了防止強悍的皇妃幹政，努爾哈赤的大妃，即多爾袞的生母，被包括皇太極在內的滿洲諸王逼著去殉葬。所以，至少在皇太極在位時期，後宮參與軍事、政治的可能性幾乎是不存在的。