嶽飛之孫嶽珂（1183—1243年）是南宋著名官員、藏書家。他設立相台家塾，對“九經”“三傳”等儒家典籍進行係統性整理和刊刻。與陸德明不同，嶽珂使用版刻書籍（而不是寫本）進行校勘。他以家塾所藏各種舊刻，“並興國於氏、建餘仁仲，凡二十本；又以越中舊本注疏、建本有音釋注疏、蜀注疏，合二十三本。專屬本經名士，反複參訂，始命良工入梓”（《九經三傳沿革例》）。態度極為認真，搜羅版本空前齊備，並且延聘專家進行校理，於書本、字畫、注文、音釋、句讀、脫簡、考異等，皆羅列條目，詳審而精確，後世推為善本。中國古代的校勘學、版本學、刊刻學，自此確立。

元明兩代的古籍整理相對蕭條，成果不多，但也出現了胡三省《資治通鑒音注》、淩稚隆《史記評林》、張溥《漢魏六朝百三名家集》、毛晉《六十種曲》等重要成果。降至清代，文字獄嚴酷，古籍整理卻進入了鼎盛時期。經部如閻若璩《尚書古文疏證》、陳奐《詩毛氏傳疏》、焦循《孟子正義》、段玉裁《說文解字注》、郝懿行《爾雅義疏》、阮元校刻《十三經注疏》，史部如錢大昕《廿二史考異》、王鳴盛《十七史商榷》、趙翼《廿二史劄記》、王先謙《漢書補注》，子部如郭慶藩《莊子集釋》、孫詒讓《墨子間詁》、俞樾《諸子平議》，集部如王夫之《楚辭通釋》、王琦《李太白集注》、仇兆鼇《杜詩詳注》、彭定求《全唐詩》、嚴可均《全上古三代秦漢三國六朝文》，叢書如鮑廷博《知不足齋叢書》、馬國翰《玉函山房輯佚書》等，犖犖大觀。

印本流行的時代，寫鈔本形態也沒有完全退出，有時還會發揮巨大作用。清代乾隆年間由紀昀（1724—1805年）主持，耗時十餘年編成的大型文獻叢書《四庫全書》，因卷帙太大，未曾刊刻，隻是抄寫了七套，分藏於“北四閣”和“南三閣”，如今尚存文淵閣本、文溯閣本、文津閣本、文瀾閣本，凡四套。《四庫全書》的編纂，是中國古代文化史上的一次重大事件，是中國傳統古籍的一次規模空前的清點、整理和總結。陸續參與其事的官員、學者竟有三百餘人，他們從一萬多種圖書中選擇大約3500種，進行細致的校勘、整理，並撰寫提要。紀昀彙總各書提要並加以潤色、修改，而成《四庫全書總目》200卷，包括四庫著錄書提要3400餘篇，四庫存目書提要6700餘篇，並且各部、各類之前都有部類概說，體大思精，綱舉目張，是中國古代官修目錄的集大成之作。

中國曆史上的古籍整理，既有體現國家意誌的官方行為，如西漢劉向父子校勘、整理國家圖書，唐代孔穎達等撰寫“五經正義”，清代紀昀等編纂《四庫全書》等；也有反映個人興趣的私人校理、注釋與闡發，如孔子整理“六經”並用於教育子弟，宋代嶽珂校勘、刻梓“九經三傳”，清代學者對古代經典著作的輯佚、辨偽、注釋、評點、考證等。古籍整理的方式多樣，涉及版本學、目錄學、校勘學、輯佚學、辨偽學、出版學等諸多學科領域，為現當代的古籍整理、古代文化的研究和傳播積累了豐富的經驗。