孝陵現存遺跡大致分為兩部分：

第一部分為神道部分，自下馬坊至孝陵外陵門，包括神烈山碑、大金門、神功聖德碑亭（四方城）、神道石刻和禦河橋。

第二部分為陵宮建築，自正門至墓塚，包括宮門、享殿、大石橋、方城明樓及寶城等。

明孝陵神功聖德碑亭

清鹹豐三年（1853），地麵木結構建築毀於戰火，僅有石刻和建築基礎留存。

2003年，明孝陵作為「明清皇家陵寢」擴展項目被列入《世界遺產名錄》。

明孝陵寶城明樓

2006年項目增加明功臣墓，包含徐達墓、李文忠墓、吳良墓、吳楨墓、常遇春墓、鄧愈墓、仇成墓、李傑墓。

而在此之後，經曆了「靖難之役」的明王朝，都城也從南京遷至北京，所以孝陵所在的鍾山也僅僅修了這一座帝陵。

明十三陵大紅門