《報告》顯示，牛軛礁珊瑚礁生態係統總體健康，造礁石珊瑚覆蓋率高，平均為37.7%，分布有造礁石珊瑚14科46屬172種，占整個南沙群島已記錄造礁石珊瑚種類數的46.6%，形態以分枝狀為主，珊瑚礁魚類種類較豐富，發現較多甲殼類、雙殼類、腹足類大型底棲無脊椎動物，其中75.0%的站位發現硨磲，現場調查發現被世界自然保護聯盟列為易危物種的阿氏前口蝠鱝，礁區生境質量良好。

同時，牛軛礁珊瑚礁生態係統受到季節性零星珊瑚熱白化和人類活動的脅迫性影響，各站位均存在珊瑚白化現象，礁坪區域有大片珊瑚低潮時出露海麵並有少量珊瑚白化；周邊海域發現漁船活動，在相關調查站位發現有漁線、漁網等人為棄置物；2016—2024年，牛軛礁礁盤造礁石珊瑚覆蓋麵積總體呈緩慢下降趨勢。