二審爭議焦點是金某公司是否侵害“NP01154”品種權和侵權責任的確定，其中主要涉及被訴侵權的七個雜交玉米品種的親本（父本）與授權品種“NP01154”是否具備同一性，特別是運用分子標記法認定品種同一性時擴大位點加測的條件及加測結果的證明力問題是本案關鍵。

最高人民法院經審理認為，

本案並無充分證據證明2994號測試報告所涉加測的5個位點屬於被普遍認可、可區分不同品種的特異位點，該報告有關擴大位點加測程序的啟動及加測位點的選取均不符合相關司法解釋的規定和植物新品種分子標法檢測標準的要求，不具有證明力；

金某公司關於其被訴侵權品種為“糯質型”玉米，授權品種“NP01154”為“普通玉米”，二者係不同品種的主張，缺乏事實依據；

本案證據能夠證明被訴侵權的七個雜交玉米品種的親本（父本）與授權品種具備同一性，金某公司的行為構成侵害“NP01154”品種權；

金某公司係故意侵權，且侵權產品涉及7個審定雜交品種、侵權時間長達五年、侵權生產麵積高達8243.4畝，侵權情節嚴重，應當適用懲罰性賠償，並確定懲罰性賠償的倍數為1倍，進而確定賠償總額為補償性賠償數額的兩倍，即5334.7萬餘元。

鑒於案情複雜、事實繁多，恒基公司支出的律師代理費、檢測費、差旅費等多項費用均有合理性，對維權合理開支20萬元予以全額支持。本案最終確定賠償數額合計53547163.1元。

本案曾於去年4月26日（世界知識產權日）公開開庭，時隔一年整得以公開宣判。其間，二審合議庭對各方當事人提交的近20份新證據進行了細致審查並嚴格質證，對有爭議的2994號測試報告要求檢測機構作出補充說明並赴該檢測機構當麵調查核實。同時，依職權調取包括品種權審查檔案、行政執法記錄等大量證據，還就玉米分子鑒定加測位點的專業事實召開專家論證，精準認定技術事實，組織當事人就被訴侵權種子種植麵積進行核對，通過多維度查明了包括“YZ320”與“NP01154”品種同一性以及侵權賠償計算等關鍵事實。