以新加坡為據點，日軍的細菌戰網絡在東南亞暗中行動。

1944年8月，在日軍設在印尼雅加達東部克倫德的強製勞工營內，日軍以接種“破傷風疫苗”為名，對百餘名印尼勞工進行注射。隨後，接種者出現了全身痙攣、呼吸衰竭等破傷風中毒症狀，全部死亡。日軍聲稱這是“疫苗存儲不當導致的細菌汙染”所致，並栽贓時任艾克曼研究所首位印尼籍所長穆赫塔教授。盡管該所根本不具備生產軍用級毒素的條件，穆赫塔仍被冠以“破壞疫苗”的罪名慘遭處決。但印尼艾克曼研究所的屍檢報告顯示，死者體內僅檢出高純度破傷風毒素，卻未發現破傷風杆菌。

印尼分子生物學家桑科特·馬祖基：樣本被送到了艾克曼研究所，該研究所就在當時收治這些患者的醫院旁邊。他們在那裏檢查了樣本，沒有發現任何細菌的痕跡，無論是在注射部位，還是在疫苗本身，他們實際上發現的是毒素。經過審問，艾克曼研究所的科研人員認為，錯誤不可能發生在艾克曼。如果真有錯誤，那一定是來自巴斯德研究所，巴斯德研究所是日本人控製的，無論法律是否認定，這起事件在我們看來就是戰爭罪。