關於菲律賓提出的第三類仲裁事項，中國在南沙群島和黃岩島附近海域采取行動的合法性是基於對有關島礁享有的主權以及海洋權利。菲律賓有關主張的前提則是相關海域屬於菲律賓的管轄範圍。因此，要對菲律賓的主張進行裁定，就要先確定相關島礁的主權歸屬並完成海洋劃界。

可見，菲律賓提出的仲裁訴求都必然涉及處理領土主權和海洋劃界問題，前者不屬於《公約》解釋和適用問題，後者已被中方聲明排除適用仲裁程序，仲裁庭對此均無管轄權。

三、南海仲裁案裁決在曆史性權利、大陸國家遠海群島、島嶼製度等問題上的嚴重謬誤

（一）仲裁庭錯誤地否定中國在南海的曆史性權利

仲裁庭稱，《公約》是目前確立海洋權利的唯一依據，取代了一般國際法中先前存在的任何曆史性權利。仲裁庭並將中國在南海的曆史性權利主張解讀為“對'九段線'內的生物和非生物資源的排他性曆史性權利”，進而判定這一主張與《公約》規定的專屬經濟區和大陸架製度相衝突而歸於無效。仲裁庭並稱沒有證據證明中國曾對南海的資源進行控製，中國隻是在以行使公海自由為由，否定其所認定的中國主張的曆史性權利。

仲裁庭這一邏輯存在嚴重錯誤。《公約》雖然表達了“解決與海洋法有關的一切問題的願望”，但沒有也不可能窮盡解決一切海洋法問題，不能取代中國依據一般國際法在南海享有的曆史性權利。著名國際法學者弗裏斯通指出：“《公約》起草過程中所采用的協商一致方式以及作為一項一攬子交易的成果，其中必然暗含了大量的妥協，而作為最直接的結果，仍有相當數量的問題尚未在《公約》中得到完全解決。”《公約》序言第8段也規定，本公約未予規定的事項應繼續以一般國際法的規則和原則為準據。事實上，《公約》承認曆史性權利不是《公約》調整事項，更沒有任何條款規定曆史性權利與專屬經濟區和大陸架製度相衝突。相反，《公約》在第10條、第15條、第51條、第298條等條款中均以尊重曆史性權利的方式處理曆史性權利與《公約》的關係。