為抵禦日軍強占，他們迅速商定，由唐景崧率軍鎮守台灣北部，丘逢甲統領義軍協防中部，而劉永福則帶領他的黑旗軍堅守台南。“與其生為降虜，不如死為義民”——這是台灣軍民在危急關頭發出的悲壯呐喊。

1895年5月10日，日本政府任命海軍大將樺山資紀為台灣總督兼軍務司令，率軍出兵台灣，同時由陸軍中將北白川宮能久率領的近衛師團也被緊急調往台灣。5月28日，兩支部隊共計約2萬日軍抵達台灣北部港口。

登陸後的日軍趁著滂沱大雨連日攻戰，爬過三貂嶺，迂回到基隆背後發起猛攻。清軍雖頑強抵抗，終因力量對比懸殊而落敗。基隆失守後，台北岌岌可危。台灣省巡撫唐景崧見大勢已去，隻得離開台灣。

6月17日，樺山資紀在台北設台灣總督府，正式宣告日本開始對台灣的殖民統治。

台北陷落後的第4天，苗栗銅鑼灣的天後宮前響起震天的號角。新竹、苗栗二縣義軍數千人齊聚苗栗，組成“新苗軍”，為首三人是被稱為“抗日客家三傑”的吳湯興、徐驤以及年僅19歲的青年薑紹祖。這些生於山野的農民以山為屏，手持簡陋的土銃長矛，勇敢地與裝備精良的日軍無畏對陣。