1992年1月，沈忠芳被任命為第三代中高空中遠程防空導彈型號總指揮。經過一次次挑戰，僅用了三年時間，就全麵完成了攻關任務，突破了五大關鍵技術，取得了九項科研成果，使得第三代防空武器係統邁入了正軌。這標誌著我國防空導彈研製水平跨入到世界領先行列，大幅度提高了我國防空導彈體係對抗能力和國防的實力。

導彈事業讓他付出了絕大部分精力，而陪伴沈忠芳一生的伴侶和戰友，同樣是北航飛機設計係畢業的徐正年，在承擔了中國航天工作的同時，還肩負起照顧家庭的責任。

因為保密的原因，孩子在年幼時，爸爸就像個陌生人。直到今天，沈忠芳也無法向孩子們和盤托出工作的全部。